根据患者的病情和年龄，先心病的治疗方法有外科手术治疗、内科介入治疗、杂交手术治疗和药物治疗。
（1）外科手术治疗，适用于各种需要手术治疗的先心病患者。手术方式分两种，即心脏直视术和经胸封堵术。心脏直视术是最传统的先心病外科手术方法，手术切口部位有胸骨正中切口和右侧腋下切口，需要在体外循环下进行。经胸封堵术适用于室间隔缺损、房间隔缺损和动脉导管未闭的患儿。这类手术的特点是切口隐蔽、美观，手术创伤小、术中出血少，愈合快，疗效满意且不给患儿留下心理阴影，受到患儿及家长欢迎。
（2）内科介入治疗，适用于先心病室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄和主动脉瓣狭窄、主动脉缩窄。手术方式是通过外周血管将特种导管及封堵器放到所需治疗的心血管腔内，替代外科手术的一种治疗方式。血管穿刺点一般为腹股沟（股静脉、股动脉）和颈部（颈内静脉）。室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭的介入治疗需要将封堵器放在缺损或未闭的位置；肺动脉狭窄和主动脉瓣狭窄、主动脉缩窄的介入治疗是通过球囊扩张的方法将狭窄或缩窄的血管扩宽。对于大孩子或成人也可以植入支架治疗肺动脉狭窄或主动脉缩窄。
（3）“杂交”手术治疗，也叫镶嵌手术或Hybird手术。??主要用于病情特别复杂的先心病，需要同时应用内外科技术，取长补短，充分利用内、外科两种优势进行治疗。毕竟每一种治疗方案都有其良好的适应症，也都有其相应的禁忌症，各有优劣。例如法洛四联症、肺动脉闭锁同时合并粗大体肺侧枝，需要外科矫治心内畸形，同时应用内科介入封堵体肺侧枝。
（4）药物治疗，适用于暂时不需要手术或后期不能手术治疗的先心患者，例如先心病合并心衰时，需要使用强心利尿剂纠正心衰后再行手术治疗，常用的药物有地高辛、呋塞米、螺内酯、氢氯噻嗪等。原发性肺动脉高压的患者
不能通过手术根治，除上述强心利尿剂外，还需要针对肺动脉高压的治疗，常用的药物有卡托普利、西地那非、他达那非、波生坦等。