北京中科白癜风崔永玲 https://m-mip.39.net/baidianfeng/mipso_6486587.html先天性心脏病(CHD)在新生儿中的发病率约为1%,是新生儿及儿童期的主要死亡原因之一。日前,NatureGenetics的一篇文章,借助全基因组测序(WGS),找到了与CHD相关的全新变异数据和研究线索。
文章标题:Genomicanalysesimplicatenoncodingdenovovariantsincongenitalheartdisease
发表时间:年6月29日
发表期刊:NatureGenetics
影响因子:27.
研究背景:
此前有研究发现,约1/3的CHD是由遗传因素造成的。基于此,美国国家心肺血液研究所(NHLBI)从年开始招募了超过13,例患者,通过全外显子测序(WES)和染色体微阵列分析(CMA)得出结论:仅8%的CHD与编码区新发突变(DNV)有关,而非编码区域受限于检测技术而不能得到深入研究。
为了评估非编码DNV是否对CHD产生影响,西奈山伊坎医学院研究人员对个CHD患者及其父母,以及1,个健康家系样本进行了全基因组测序(WGS),深度30X,发现了以往被忽略的非编码区域DNV对先天性心脏病的重要调节作用。
图非编码DNV检测流程示意图
重要发现:
1.14例CHD先证者样本在WGS测序数据中检出与CHD相关的基因突变,之前的检测手段(WES+CMA)并不能检测到;
2.对增强子的分析发现,CHD相关基因中DNV更多,这些DNV改变了该项研究所检测的31种增强子当中5种增强子的转录水平;
3.在CHD中,潜在破坏性调节非编码DNV的富集程度至少与破坏性编码DNV所观察到的水平一样高,而非编码DNV的检测只能依靠于WGS。
该项研究表明,同样是来自CHD研究的前序队列样本,这些样本在WES和CMA研究中并未检出CHD相关基因的有效变异,但通过WGS,研究者找到了与CHD相关的全新变异数据和研究线索,用实例证明WGS技术不仅在肿瘤研究中不可或缺,在其他类型的疾病研究中也同样有不可替代的重要作用。
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